Neovisna tijela u okviru OK BiH su:

- Nadzorni odbor OK BiH;

- Sud časti i sportske arbitraže;

- Komisija za antidoping kontrolu OK BiH

1) Nadzorni odbor OK BiH ima sljedeće zadatke:

- Nadzor nad djelatnošću OK BiH;

- Provjera zakonitosti u radu i materijalno-finansijskom poslovanju u OK BiH;

- Nadzor izvršavanja odluka i zaključaka Generalne skupštine i Izvršnog komiteta OK BiH;

- Provjera pridržavanja utvrđenih normi i akata OK BiH.

Članove Nadzornog odbora bira Generalna skupština, a čine ga tri člana. Članovi Nadzornog odbora biraju svog predsjednika. Mandat članova Nadzornog odbora traje paralelno mandatu Generalne skupštine - 4 godine.

Trenutni saziv Nadzornog odbora čine:

- Enco Bukovac, predsjednik;

- Suad Kaknjo, član

- Vladimir Lučić, član

2) Sud časti i sportske arbitraže 

- Daje pravna mišljenja iz svog domena;

- Djeluje kao Sud časti i kao Sud sportske arbitraže;

- Kao Sud časti rješava sporove u vezi sa povredom Statuta, Olimpijske povelje od strane pojedinca, kao i u slučajevima narušavanja digniteta OK BiH nedoličnog ponašanja člana Generalne skupštine, Predsjedništva, Izvršnog komiteta ili nekog od profesionalnih lica na radu u OK BiH, te u slučajevima sukoba interesa u OK BiH;

- Kao Sud sportske arbitraže odlučuje o zahtjevu za vanredno preispitivanje odluka sportskih saveza protiv kojih su iscrpljena, ili ne postoje, druga sredstva pravne zaštite, te obavlja druge poslove utvrđene Statutom, pravilnikom o postupku i drugim aktima OK BiH i Suda časti i sportske arbitraže.

Sud časti i sportske arbitraže čine predsjednik, potpredsjednik i 3 člana, koje bira OK BiH na vrijeme od 4 godine. Članove Suda bira Generalna skupština iz reda pravnika-sportista i bivših sportista, te drugih članova iz pravne struke.

Sud časti i sportske arbitraže čine:

- Jasmin Baković, predsjednik;

- Zoran Palamenta, potpredsjednik;

- Miroslav Gavrić, član;

- Luka Jukić, član;

- doc. dr Dino Mujkić, član.

3) Komisija za antidoping kontrolu

- Broji 3 člana koje bira Generalna skupština iz reda svojih članova na mandat od 4 godine.

Komisiju za antidoping kontrolu čine:

- Marinko Božić, predsjednik

- Vladimir Kezunović, član

- Aleksandar Fulurija, član

- Namik Omerović, član